Фамилия Матюшенцев образована от прозвища Матюшенец, восходящего к топониму Матюшино. Так называется ряд сел и деревень, расположенных в России. Название Матюшино берет начало от имени Матюша, которое является производной формой имени Матвей (Матфей). Оно в переводе с древнееврейского означает «дарованный богом». Вероятно, именование Матюшенец указывает на место, родом из которого был его обладатель. Так могли назвать выходца из Матюшино. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Матюшенец, со временем получил фамилию Матюшенцев.