Фамилия Маукан — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую другую версию. Скорее всего, перед нами фамилия не славянского, а тюркского или финно-угорского корня, и её носители — выходцы из регионов, где русский язык смешивался с местными языками: Поволжье, Урал, Сибирь или Северный Кавказ.

В основе лежит личное имя или прозвище Маукан. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) корень «мау» или «мауык» может означать «крик», «шум» или относиться к названию животного. Например, у татар есть слово «мау» — звук, которым подзывают кошку, а «маукан» могло быть прозвищем крикливого или голосистого человека. В казахском языке «маукан» — это диалектное название сайгака или детёныша животного, что отсылает к охотничьему промыслу или тотемному прозвищу.

Однако есть и другая, менее экзотическая версия. В коми-пермяцком и удмуртском языках «маук» — «медведь», и суффикс «-ан» образует имя со значением «медвежий», «похожий на медведя». Учитывая, что медведь был тотемным зверем у многих народов Урала, фамилия Маукан могла возникнуть как прозвище силача или охотника на медведей. Эта гипотеза кажется правдоподобнее, так как объясняет и редкую форму, и региональную привязку.

Модель образования фамилии нестандартна. В русской традиции такие фамилии обычно получали суффикс -ов или -ин: Мауканов. Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия могла быть зафиксирована в документах в «сырой» форме, без русификации, или что её носители — представители нерусских народов, у которых фамилии не изменялись по падежам. Встречается написание «Маукан» и «Мауканн», но второй вариант, вероятно, результат описки или двойной записи.

В истории фамилия встречается крайне редко. Известны единичные случаи среди татар и башкир Челябинской области, а также в среде сибирских татар. В дореволюционных метрических книгах Тобольской губернии есть записи о крестьянах с фамилией Маукан — скорее всего, это были охотники или скотоводы. Сословная принадлежность — почти всегда крестьянство или казачество, без аристократических ветвей.