Фамилия Маушенцев — редкий случай, когда неочевидная основа сочетается с ясной и типичной моделью образования. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Маушенцев — это «сын Маушенца» или «человек из семьи Маушенцевых». Вопрос упирается в то, что скрывается под корнем «Маушен-».

Самая вероятная версия — немецкое или прибалтийское происхождение основы. В немецком языке фамилия Mauschen или Maus (мышь) могла быть прозвищем маленького, юркого человека или того, кто занимался ловлей мышей (в Средневековье — отдельная профессия). Суффикс -енц- в русской передаче — это адаптация немецкого -chen (уменьшительная форма) или -enz. Таким образом, Маушенц — это русифицированная форма фамилии вроде Mäuschen или Mausenz. В пользу этой версии говорит и география: фамилия Маушенцев встречается в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVIII-XIX веках активно приглашали немецких колонистов.

Вторая версия, менее правдоподобная, — отчество от прозвища Маушен, которое могло образоваться от диалектного глагола «маушить» (шуметь, возиться) или от тюркского «мауш» (родственник, свойственник). Но в словарях русских говоров такой корень не зафиксирован, а тюркская версия не объясняет суффикс -енц, который для русских фамилий нетипичен.

Словообразовательная модель проста: основа Маушенц- + патронимический суффикс -ев. В русской антропонимии такие «двухэтажные» фамилии, где к иноязычной основе добавляется русский суффикс, встречаются нечасто и выдают переселенческое прошлое рода. Фамилия не была дворянской — скорее всего, её носили крестьяне-колонисты или мещане.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно встретить Маушев (от той же немецкой основы, но без уменьшительного суффикса) и Маушкин — но Маушенцев стоит особняком.