Фамилия Майнаев — одна из тех, что ставит перед исследователем сразу несколько загадок, начиная с ударения. Если оно падает на второй слог (Майнáев), перед нами типичная отчество с суффиксом -ев, образованное от прозвища или имени Майнай. Если же ударение на первый слог (Мáйнаев), фамилия может быть связана с тюркским корнем «майна» — в ряде тюркских языков это слово означает «овца», «баран» или, в переносном смысле, «смирный, покладистый человек». Вторая версия выглядит правдоподобнее: прозвище Майнай могли дать пастуху, скотоводу или просто человеку с кротким нравом.

Словообразовательная модель проста: к основе Майнай (или Майна) прибавили типичный русский патронимический суффикс -ев, что означает «сын Майная». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на -й. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде, где русская ономастика смешивалась с тюркской — в Поволжье, на Урале или в Сибири, среди татар, башкир, чувашей или казахов, принявших православие. Фамилия могла оформиться и в среде русских крестьян, которые перенимали прозвища от соседей-инородцев.

В словарях фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Основные очаги — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также отдельные районы Сибири, куда переселенцы принесли прозвище. В дореволюционных переписях Майнаевы обычно записаны как государственные крестьяне или казаки — сословия, где прозвища нередко закреплялись в качестве фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Майнов, Майнаков, Майнашев — показывает, что корень «майн-» в русской антропонимии почти всегда тюркского происхождения, но с разными суффиксами. Майнаев стоит особняком: суффикс -ай (Майнай) мог быть уменьшительной или ласкательной формой, что делает фамилию не просто указанием на занятие, а личным прозвищем, возможно, с оттенком насмешки или симпатии.

Споров о происхождении немного: альтернативная версия, возводящая фамилию к русскому диалектному «майна» (полынья) или к глаголу «майнать» (опускать, тащить), маловероятна — такие основы дали бы фамилии Майнин или Майнатов. Тюркская этимология остаётся основной, и носитель фамилии может с высокой долей уверенности считать своих предков выходцами из тюркоязычной среды, чьё прозвище со временем обрусело.