Фамилия Майсеенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально указывал на сына или потомка человека: Майсеенко буквально означало «сын Майсея». Такие фамилии закрепились в Поднепровье, на Слобожанщине и юге России с XVI–XVII веков, когда патронимическая форма постепенно переставала быть временным прозвищем и становилась наследственным родовым именем.

Основа фамилии — имя Майсей. Это народная, разговорная форма крестильного имени Моисей. В украинской и белорусской среде имя Моисей часто произносили и писали как Майсей, Мойсей или Мусей. Такое фонетическое изменение — не редкость: церковнославянская форма через живую речь превращалась в более удобный для произношения вариант. Соответственно, Майсеенко — это потомок человека по имени Майсей (Моисей). Других версий происхождения, например от прозвища по роду занятий или географического названия, для этой фамилии нет: она строго патронимическая.

Интересно, что фамилия Майсеенко сохранила ударение на корне (Майсéенко), что типично для украинских фамилий на -енко. В русском языке аналогичные фамилии от имени Моисей образовывались иначе — через суффикс -ов: Моисеев. Таким образом, Майсеенко выдаёт в своих носителях украинские корни, а конкретно — принадлежность к той среде, где библейское имя бытовало в упрощённой, бытовой форме. Географически фамилия чаще всего встречается в Черниговской, Сумской и Полтавской областях, а также в смежных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки.

Сословного барьера у фамилии не было: Майсеенко могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был настолько массовым, что не указывал на знатность или простоту — он просто фиксировал родство. Поэтому предки современных Майсеенко с равной вероятностью могли быть реестровыми казаками или крепостными крестьянами. Единственное, что можно утверждать точно: родоначальника звали Майсей, а сама фамилия — живое свидетельство того, как церковное имя обрастало местными языковыми особенностями.