Фамилия Маисенко — яркий пример восточнославянской модели образования на -енко, характерной прежде всего для украинской ономастики. Суффикс -енко в XVI–XVII веках активно формировал фамилии, обозначавшие потомка или человека, связанного с носителем исходного имени или прозвища. В данном случае основа — «Маис» — вызывает несколько вопросов, и именно в ней кроется главная загадка фамилии.

Самая вероятная версия: Маис — это украинская или южнорусская форма крестильного имени Матвей. В диалектах имя Матвей нередко звучало как Матій, Матіс, а в бытовой речи через чередование звуков и упрощение могло превратиться в Майс или Маис. Тогда Маисенко — буквально «сын Маиса», то есть потомок Матвея. Подобные переходы встречаются и в других фамилиях: Матвеенко, Матвиенко, а Маисенко — более редкий фонетический вариант.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза связывает основу с прозвищем от слова «маиса» — так в некоторых говорах называли кукурузу (от итальянского mais). Прозвище Маис могли дать человеку, занимавшемуся выращиванием или торговлей этой культурой, либо по внешнему сходству — например, за высокий рост или смуглоту. Однако для фамилии, возникшей в XVII–XVIII веках, кукуруза как огородная культура на юге России и Украины была ещё не столь распространена, поэтому версия с именем выглядит надёжнее.

Географически фамилия Маисенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине, а также к югу России, куда украинские переселенцы принесли свою модель фамилий. В дореволюционных метрических книгах Маисенко встречается среди казацких и крестьянских родов, без признаков дворянского происхождения. Встречаются и варианты написания с одной «с» — Маисенко — что не меняет сути, а лишь отражает колебания в орфографии XIX века.

Таким образом, фамилия Маисенко — это типичная украинская фамилия-патроним, указывающая на то, что предок носителя скорее всего носил имя Матвей, которое в народной речи сократили до Маис.