Фамилия Маисая стоит особняком в русском ономастиконе. На первый взгляд она кажется славянской из-за типичного окончания -ая, которое встречается в русских фамилиях (Толстая, Босая). Однако корень «Маис-» не имеет славянской этимологии и не связан с кукурузой (маисом), которая попала в Россию слишком поздно, чтобы стать основой для прозвища.

Скорее всего, Маисая — это русифицированная форма грузинской фамилии Маисая (მაისაიа). В грузинском языке фамилии на -ая (или -иа, -аиа) широко распространены в Мегрелии и Гурии. Основа «Майса» может восходить к имени Майса или к слову «маиса» (груз. მაისა) — «май», что указывает на рождение ребенка в мае. В грузинской традиции такие календарные имена не редкость. После вхождения Грузии в состав Российской империи и при советской паспортизации грузинские фамилии часто записывали на русский лад, сохраняя окончание -ая.

Суффиксальный разбор указывает на ареальную модель: для западно-грузинских регионов (Мегрелия) характерны фамилии на -иа и -ая, которые в русской передаче теряют исконную ударную гласную. Фамилия Маисая могла принадлежать крестьянам или священнослужителям — в Грузии не было жесткой сословной привязки фамилий, как в России.

Версия о происхождении от украинского или белорусского прозвища «Маиса» (от диалектного «майсать» — месить, пачкать) менее убедительна: такие фамилии обычно получали суффиксы -енко, -ук, -ов, а не окончание -ая. Грузинский след выглядит основным, и носители фамилии Маисая в России и Грузии подтверждают эту версию.