Фамилия Маисеенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по модели, которая сразу указывает на географию и социальный слой. Её основа — имя Маисей, народная форма крестильного имени Моисей. В украинской и белорусской среде имя Моисей часто звучало как Маисей, Майсей или Мойсей — через замену начального «Мо» на «Ма» и упрощение.

Суффикс -енко — самый распространённый в украинской ономастике, особенно на Левобережье и в Слобожанщине. Он означает «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Маисеенко — это «сын Маисея», то есть потомок человека по имени Маисей. Такая модель фамилий активно формировалась в XVI–XVII веках, когда казачество и крестьянство фиксировали родовые прозвища по отцу.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где ударение чаще падает на основу (Моисеев), в фамилиях на -енко ударение обычно смещается на суффикс: Маисе́енко (хотя в разговорной речи встречается и Маисее́нко). Это фонетический маркер украинского происхождения.

Имя Моисей в народной среде не было редким, но встречалось реже, чем Иван или Пётр. Поэтому фамилия Маисеенко не относится к массовым, но и не является исключительной. Она фиксируется в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XVIII–XIX веках.

Двойное «е» в корне (Маисеенко) — не ошибка, а отражение живого произношения: имя Маисей дало форму Маисе-енко, где первая «е» принадлежит основе, а вторая — суффиксу. В документах XIX века встречаются варианты Маисѣенко (с ятем) или даже Майсеенко — через «й», что тоже закономерно для украинской фонетики.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Маисеенко стоит в одном ряду с Майсенко, Мойсеенко, Моисеенко и Моисеев. Но именно форма Маисеенко — самая редкая и локальная, что может указывать на конкретный говор или регион, где имя Моисей произносили именно так.