Фамилия Мойсеенко образована от древнееврейского имени Моше (Mosa) или Моисей. Оно, очевидно, имеет египетское происхождение и означает «дитя» или «вынутый из воды». Поэтому Мойсеенко буквально понималось как «сын Моисея».