Фамилия Мойсенко — типичный пример украинской модели фамилии на -енко. Этот суффикс, означавший в XVI–XVII веках «маленький» или «сын такого-то», закрепился на Левобережной и Слободской Украине как один из главных фамильных формантов. В основе фамилии лежит крестильное имя Моисей (в украинском произношении Мойсей). Мойсенко, таким образом, изначально — «сын Мойсея», то есть потомок человека по имени Моисей. Имя это пришло из древнееврейского, где означало «спасённый из воды», и было популярно в православной среде, хотя и реже, чем Пётр или Иван.

В русском языке фамилию часто путают с Мосенко или Моисеенко, но разница в произношении и написании указывает на конкретную диалектную черту: украинское «й» вместо «и» в корне. В документах XVIII–XIX веков встречаются варианты Мойсѣнко, Мойсенков, но современная форма устойчиво пишется через «й». Географически фамилия наиболее плотно представлена в Черкасской, Полтавской, Киевской областях Украины, а также в прилегающих районах России, куда шла миграция крестьян после отмены крепостного права.

Социально предки Мойсенко в большинстве своём были казаками или посполитыми (свободными крестьянами). Дворянской фамилией Мойсенко не стала — в родословные книги Российской империи она не попала, что подтверждает её простонародное происхождение. Встречаются отдельные случаи, когда фамилию получали бывшие крепостные, отпущенные на волю, но это скорее исключение.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -енко описывается как одна из самых продуктивных в украинской ономастике, и Мойсенко — её рядовой, но показательный представитель. Если у вас есть семейные предания о том, что предок был священником (имя Моисей часто давали в духовном сословии), стоит проверить клировые ведомости XIX века — там могла закрепиться форма Моисеенко, а Мойсенко остаться в бытовом употреблении.