Фамилия Мойсеенкова — женская форма от Мойсеенков, а та, в свою очередь, образована от имени Мойсей. Так на русской почве, через аканье и упрощение, передавали библейское имя Моисей. В народной среде, особенно в южнорусских и белорусских говорах, где «а» и «о» в безударной позиции звучали одинаково, имя Моисей легко превращалось в Мойсей. Отсюда и пошла цепочка: Мойсей → Мойсеенко (украинская или белорусская модель с суффиксом -енко, означающая «сын» или «потомок») → Мойсеенков (обрусевшая форма с русским патронимическим суффиксом -ов).

Ключевая особенность этой фамилии — двойная адаптация. Сначала имя прошло через украинскую или белорусскую фамильную модель на -енко (характерную для Левобережной Украины и юга России), а затем, при переселении семьи в великорусские губернии или при попадании в ревизские сказки, фамилию переоформили по общерусскому образцу, добавив -ов. В результате возникла редкая конструкция, где суффиксы как бы наложились друг на друга. Такие фамилии, как Мойсеенков, Тимошенков, Даниленков, встречаются в пограничных регионах — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири.

Основатель рода, судя по фамилии, был сыном человека по имени Мойсей. Само имя Моисей в дореволюционной России было очень популярно не только у евреев, но и у православных крестьян. Его давали в честь ветхозаветного пророка, и оно считалось вполне обычным, нередким. Поэтому носителей фамилии Мойсеенков (и Мойсеенкова) следует искать прежде всего среди крестьянского сословия — государственных или бывших помещичьих крестьян. Фамилия не дворянская и не купеческая, её происхождение — из среды, где библейское имя воспринимали как своё, родное, и спокойно образовывали от него бытовые прозвища и фамилии.

Встречаются и варианты написания — Моисеенкова, Мойсеенко, Мойсиенкова. Но форма с буквой «й» и суффиксом -ов- — самая характерная для русского бытования этой фамилии, она указывает на то, что семья давно и прочно обосновалась в русскоязычной среде, сохранив память о южнорусских или украинских корнях в самом строении фамилии.