Фамилия Мойсеенку — это одна из тех фамилий, где сразу заметна украинская огласовка. Если бы её писали по-русски, она звучала бы как «Моисеенко» или «Моисеенков», но форма на -енку выдает южное, скорее всего, белорусское или западноукраинское происхождение. Суффикс -енку — это вариант патронимического суффикса -енко, который в украинском языке означает «сын» или «потомок» (как «Моисеев сын»). Однако в белорусской традиции фамилии на -енку (с ударением на последний слог) встречаются чаще, чем в украинской, где типично -енко. Поэтому версия, что предки носителя фамилии были из белорусских земель (например, с Могилёвщины или Гомельщины), выглядит правдоподобнее.

Основа фамилии — имя Мойсей (или Мойша). Это просторечная, народная форма библейского имени Моисей (Моше). В крестьянской среде Восточной Европы имя Моисей часто сокращали до Мойсей, а в быту могли звать просто Мойша. Фамилия Мойсеенку буквально означает «потомок Мойсея». В отличие от русских фамилий на -ов (Моисеев), которые указывали на принадлежность отцу, украинские и белорусские формы на -енко / -енку подчеркивали именно родовую линию: «из рода Мойсеев».

Интересно, что фамилия с таким суффиксом — довольно редкая. В официальных документах XIX века её могли записать по-разному: Мойсеенко, Мойсеенков, а иногда и через «а» — Майсеенку, если диалект «якал». Это затрудняет поиск корней, но и даёт подсказку: предки, скорее всего, были неграмотными крестьянами, а фамилию им дал писарь на слух. Сословно это, вероятно, были государственные или помещичьи крестьяне, а не казаки (у казаков популярнее были фамилии на -ук/-юк или -енко с ударением на предпоследний слог).

В современном русском языке фамилия склоняется по правилам украинских фамилий на -енку: она неизменяема (и Мойсеенку, к Мойсеенку). Если же предки переехали в Россию и русифицировали фамилию, мог появиться вариант Мойсеенков, но исходная форма — именно Мойсеенку — сохраняет колорит западных окраин Российской империи.