Фамилия Мойсеенков образована от древнееврейского имени Моисей. Оно, очевидно, имеет египетское происхождение и означает «дитя» или «вынутый из воды». Со временем, род Мойсеенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.