Фамилия Мойсенку звучит как украинская, и это первое, что бросается в глаза — характерный суффикс -енко, который в украинской ономастике означает «маленький» или «сын» (как русское -ович). Но здесь он записан не в привычной форме «Мойсенко», а в фонетической передаче «Мойсенку» — это, скорее всего, результат румынизации или молдаванизации фамилии. В Молдове и на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области) украинские фамилии на -енко нередко записывали через окончание -у, под влиянием местных говоров или при переписи населения на румынском языке. Так что перед нами не ошибка, а региональный вариант написания.

Основа фамилии — Мойсей, украинская форма библейского имени Моисей (через греческое Mωυσής). В народной среде имя было распространено, давало множество производных: Мойсей, Мойсюк, Мойсеенко. Суффикс -енк(о) указывает на прямое отчество: Мойсенко — сын Мойсея. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или казаком, которого в документах записывали по отцу — «Мойсеев сын», а со временем это закрепилось как фамилия.

С точки зрения географии, фамилия Мойсенко (и её вариант Мойсенку) концентрируется на Правобережной Украине, особенно в Черкасской, Киевской и Винницкой областях, а также в диаспорах Молдовы и Приднестровья. Встречаемость редкая, что говорит о том, что фамилия не разрослась в массовую, а осталась локальной. В румынских переписях XIX века украинцев часто записывали на слух, и окончание -у могло закрепиться за конкретной семьёй, отличая её от соседей-«Мойсенко».

Версия о польском влиянии (от «moj» — мой) маловероятна: польские фамилии с таким корнем обычно выглядят как Мойский или Моевич, а суффикс -енко — чисто восточнославянский. Так что смело можно говорить: Мойсенку — это украинская фамилия, записанная в молдавской манере, означающая «потомок человека по имени Мойсей». Предки, скорее всего, были православными крестьянами или казаками из центральной Украины, которые в XIX веке мигрировали на юг.