Фамилия Мажакова — женская форма фамилии Мажаков, и её основа — это прозвище или имя Мажак. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно разобраться с корнем «маж-». В русских говорах слово «мажа» или «мазжа» нередко означало неуклюжего, медлительного человека, того, кто «мажется», то есть делает всё вяло и неловко. Однако есть и другая, более вероятная версия: в южнорусских и украинских диалектах «мажа» — это большая телега, воз, а также мера жидких или сыпучих тел. В таком случае прозвище Мажак могли дать либо возчику, либо человеку, который отвечал за меру и вес товаров на базаре или при перевозке. Суффикс «-ак» в фамилии типичен для прозвищ, обозначающих человека по характерному действию или предмету (ср. Рыбак, Гусак, Долбяк), так что «Мажак» — это «тот, кто связан с мажой».

Географически фамилия Мажаковы наиболее характерна для юга России, особенно для Ростовской области, Краснодарского края, а также для восточных областей Украины. Это не случайно: именно в этих местах слово «мажа» было в ходу, а само прозвище могло закрепиться за переселенцами из малороссийских губерний. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в казачьих станицах, что косвенно подтверждает связь с хозяйственной или транспортной деятельностью — казаки часто занимались извозом и торговлей.

Редкий суффикс «-ак» придаёт фамилии выразительность: она звучит как отчество от прозвища, а не от крестильного имени. В отличие от фамилий на «-ов» и «-ин», которые часто образуются от имён, модель с «-ак» почти всегда указывает на профессиональное или характерологическое прозвище. Поэтому предки Мажаковых, скорее всего, не были ни боярами, ни духовенством, а людьми из крестьянской или казачьей среды, которых окружающие запомнили по их делу — возить грузы или отмерять товары.