Фамилия Мегедын — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не типичная крестьянская или дворянская фамилия центральной России. Скорее всего, её корни лежат в иноязычной среде, а на русскую почву она попала через адаптацию.

Словообразовательная модель здесь — чистая основа без патронимического суффикса. Это характерно для фамилий, возникших из прозвищ или этнонимов, которые не переделывали под русский шаблон, а записывали «как слышали». Фамилия оканчивается на -ын, что может быть как искажённым русским суффиксом принадлежности (чей? — Мегедын, то есть сын Мегеды), так и просто финалью исходного слова.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими или кавказскими языками. Основа «Мегедын» может восходить к имени или прозвищу, образованному от тюркского «меге» — «мозг», «ум», или же от адыгского (черкесского) корня, где «мегъ» означает «туман», «мгла». В таком случае Мегедын — это человек, которого прозвали «туманным», «задумчивым» или, наоборот, «умным». Вторая версия — связь с этнонимом: в тюркских языках есть племенные названия, созвучные «мегедын», например, у ногайцев или кумыков.

Географически фамилия почти не встречается в центральных архивах. Единичные носители зафиксированы на юге России, в Краснодарском крае и Ставрополье, а также среди потомков горских евреев и армян, переселившихся в XIX веке. Это подтверждает версию о кавказско-тюркском следе.

Спорные гипотезы, например, о происхождении от монгольского «мэгдэн» (счастье) или от греческого «мегадон» (большой зуб), выглядят натянутыми: нет ни исторических, ни лингвистических переходов, которые бы их подтверждали. Поэтому основная версия — прозвищно-этническая, из причерноморских или кавказских тюрков.

С социальной точки зрения, носители фамилии Мегедын, скорее всего, не относились к дворянству или духовенству. Это фамилия вольных переселенцев, казаков или горских народов, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии по прозвищам, а не по отцам. В советских паспортах написание закрепилось, но в дореволюционных метриках могло варьироваться: Мегедин, Мегеден, Мехедин.