Фамилия Мекалин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов/-ев или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами не патроним (не «сын Мекалы»), а скорее прилагательная форма, застывшая в мужском роде. Но и тут есть нюанс.

Вероятнее всего, основа — прозвище или неканоническое имя Мекала. В русских говорах слово «мекать» означало «соображать, думать, понимать». Отсюда «мекала» — человек себе на уме, догадливый, а иногда, наоборот, нерасторопный, тугодум (с иронией: «ну и мекала!»). Фамилия могла закрепиться за тем, кто получил такое прозвище по характеру или манере поведения. Суффикс -ин здесь не «притяжательный» (как в «Иванов — сын Ивана»), а скорее словообразовательный, превращающий прозвище в фамилию по модели «Мекала → Мекалин». Такая модель встречается, но реже, чем стандартная.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем. В некоторых тюркских языках «мека» или «меке» означает «цель», «мишень». В таком случае Мекалин могло возникнуть как русифицированная форма тюркской фамилии, но это спорно: слишком мало географических следов такой миграции.

Географически фамилия Мекалин встречается единично. Она не привязана к определённому региону России, что характерно для прозвищных фамилий, которые могли возникнуть в любом месте, где было однокоренное слово. В словарях Б. Унбегауна или В. Никонова эта фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость.

Написание фамилии устойчиво: через «е» в первом слоге. Вариант «Микалин» (от имени Михаил) существовал бы, но тогда логичнее было бы окончание -ин с другим значением. Для Мекалина связь с «мекать» — самая прямая и правдоподобная. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, которого в деревне прозвали за его сообразительность или, наоборот, за медлительность — и прозвище закрепилось за родом.