Фамилия Мекаев почти наверняка имеет тюркские корни, и в её основе лежит мужское имя Мекка. Это имя образовано от названия священного города Мекки, которое, в свою очередь, восходит к арабскому слову «макараб» — «святое место». Город, впервые упомянутый ещё у Птолемея, задолго до зарождения ислама был важным торговым узлом между Востоком и Средиземноморьем, а позже стал родиной пророка Мухаммеда, завоевавшего его и завещавшего мусульманам паломничество к Каабе. Таким образом, имя Мекка несло в себе глубокий религиозный и культурный смысл, и фамилия, от него образованная, могла указывать на благочестие предка или его связь с этим местом.

Существует и вторая, менее очевидная гипотеза, которая выводит фамилию от прозвища Мекай. В этом случае основой служит русский глагол «мекать» — «понимать, думать, полагать». Такое прозвище отражало бы ум и сообразительность основателя рода, его эрудицию и логическое мышление. Однако эта версия выглядит менее правдоподобной для фамилии с явным тюркским звучанием, хотя и не исключена в зонах активного смешения народов.

Третья версия связывает прозвище Мекай с турецким словом «mekân» — «место», «жилище», «кров». В этом случае прозвище могло указывать на особенности места, где поселился предок, или на его роль как основателя нового жилья. Если принять эту гипотезу, то фамилия Мекаев становится не столько религиозной, сколько географической, привязанной к конкретному месту проживания.

Что интересно, все три версии сходятся в одном: фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к именам и прозвищам, оканчивающимся на согласный или -й. Это типичная русская патронимическая модель, которая закрепилась за тюркскими основами в период активного взаимодействия культур. Сословная принадлежность первых Мекаевых точно не установлена, но скорее всего, это были крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени отца или по прозвищу, которое закрепилось за главой семьи.