Фамилия Мекаева — женская форма фамилии Мекаев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, поскольку именно он хранит ключ к происхождению. Фамилия Мекаев образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Мекай.

Само имя или прозвище Мекай — это, скорее всего, усечённая форма от полного имени Мефодий. В народной русской традиции такие сокращения были обычным делом: Мефодий превращался в Меху, Меку, а от них уже шли фамилии Мехов, Мекин, Мекаев. Имя Мефодий греческого происхождения, означает «методичный», «следующий порядку». В святцах оно почитается, в первую очередь, благодаря святому Мефодию, просветителю славян и создателю славянской азбуки.

Есть и более редкая, но возможная версия. В некоторых говорах «мекать» означало «понимать, соображать, смекать». Прозвище Мекай могли дать человеку сметливому, догадливому. Однако эта версия менее вероятна, так как глагол «мекать» чаще становился основой для фамилий вроде Мекалов или Мекешин, а форма Мекай всё-таки тяготеет к сокращению от крестильного имени.

Географически фамилия Мекаев встречается в разных регионах, но заметна её концентрация на Северном Кавказе, в частности в Чечне и Ингушетии. Там она может быть русифицированной формой местной фамилии, образованной от вайнахского имени или прозвища. В таком случае исходное значение может быть связано с тюркским или кавказским корнем, например, «мек» — «козёл» или «мека» — «козлёнок» (в переносном смысле — прозвище бойкого или упрямого человека). Однозначно определить, какая из версий верна для конкретной семьи, можно только по документальной истории рода и региону проживания предков.

Таким образом, фамилия Мекаева может вести начало либо от церковного имени Мефодий через просторечную форму Мекай, либо от прозвища, данного по характеру, либо иметь местные кавказские корни. В любом случае, её основа — это прозвище или имя родоначальника, которое спустя поколения закрепилось в качестве родового имени.