Фамилия Мехрабудин — редкий пример фамилии, целиком заимствованной из мусульманского личного имени. Это не русская по происхождению фамилия, а скорее фамилизированная форма полного арабского имени, которое бытовало среди народов Кавказа, Закавказья, Ближнего Востока и Поволжья.

В основе фамилии лежит арабо-персидское имя Мехрабудин (варианты: Мехрабуддин, Мехраб-уд-дин). Оно составное: «Мехр» (с персидского — «солнце», «дружба», «любовь») и «ад-Дин» (с арабского — «вера», «религия»). В целом имя переводится как «солнце веры» или «милость религии». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога или религию, типичное для исламской ономастики (ср. Нур-ад-дин, Сайф-ад-дин).

Фамилия Мехрабудин образована не с помощью русского суффикса, а путем прямой транслитерации полного имени в фамилию. Такие «бессуффиксные» фамилии встречаются у народов, где фамилии возникли поздно и часто просто закрепляли за родом имя основателя. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком, которого звали Мехрабудин, и это имя перешло на его потомков без добавления типичных русских окончаний -ов, -ев или -ин.

Географически фамилия чаще всего встречается среди азербайджанцев, лезгин, татов, а также у народов Дагестана. В России она могла появиться благодаря миграциям с Кавказа или из Средней Азии. Встречается и у татар, но реже. В русском языке фамилия склоняется как мужская (Мехрабудина, Мехрабудину) и как женская (не склоняется, если принадлежит женщине: Анна Мехрабудин).

Социально предки с такой фамилией, скорее всего, были не крепостными крестьянами в классическом русском смысле, а свободными горцами, ремесленниками или крестьянами-общинниками. Имя Мехрабудин могло указывать на религиозность семьи или на принадлежность к духовному сословию (муллы, учителя медресе), но это лишь предположение — без документов утверждать это нельзя.

Однокоренных фамилий в русском контексте практически нет, но в той же среде встречаются схожие по модели: Нурудин, Шамсудин, Сайфудин. Фамилия Мехрабудин стоит особняком из-за редкой первой части «Мехр», что делает её легко узнаваемой и непохожей на массовые фамилии.