Фамилия Мерганов — редкая и неочевидная по происхождению. Основная сложность в том, что на слух она звучит как русская (суффикс -ов), но корень «Мерган» не имеет прямых аналогов в славянских языках. Поэтому первая и самая вероятная версия — тюркская.

Слово «мерген» (варианты — «мерган», «мирген») в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, киргизском) означает «меткий стрелок», «охотник». Это не просто качество, а устойчивое прозвище или даже титул, которым награждали лучших лучников. Встречается и как личное имя Мерген. Фамилия Мерганов, скорее всего, образована именно от такого прозвища или имени: к основе «Мерган» добавили русский патронимический суффикс -ов, что типично для татарских и башкирских фамилий, принявших русскую форму в XIX–XX веках.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с калмыцким «мергн» (мудрый, святой) или с монгольским «мэргэн» (мудрый, вещий стрелок). В любом случае, исходное слово несёт положительную характеристику: предок-родоначальник был либо искусным охотником, либо человеком, известным своей меткостью и точностью.

Географически фамилия Мерганов тяготеет к регионам Поволжья (Татарстан, Башкортостан), а также к Казахстану и Средней Азии. В центральных русских областях она встречается редко. По сословному составу носители этой фамилии в основном происходили из крестьян, реже — из служилых татар. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться через «е» — Мергенов, что подтверждает её тюркский корень.