Фамилия Мерганова — женская форма от Мерганов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ов(-а) указывает на русскую патронимическую традицию: так образовывали фамилии от личного имени или прозвища отца. Но основа Мерган- в русских святцах не встречается, значит, корни фамилии — в тюркских языках.

Самая вероятная версия возводит основу к тюркскому слову «мерген» — меткий стрелок, охотник, снайпер. В башкирском, татарском, казахском и других тюркских языках это слово имеет именно такое значение. Прозвище Мерган давали человеку, который славился меткостью в стрельбе из лука или ружья. Со временем прозвище закрепилось как личное имя, а затем от него образовалась фамилия. С этой версией согласуется и география: фамилия Мерганов (и Мерганова) чаще всего встречается среди башкир, татар и народов Северного Кавказа. Есть и менее распространённая гипотеза — связь с осетинским словом «мергъæн» (копьё), но она уступает первой по частоте бытования.

Суффикс -ов в данном случае не просто стандартный для русских фамилий — он указывает на то, что носители фамилии, скорее всего, были крещёными и вошли в русскую культуру через православную традицию, сохранив при этом тюркскую основу. Встречаются также варианты с другим суффиксом — Мергановы, где ударение может падать на второй слог, но это уже вопрос местного произношения.

Таким образом, предки современных Мергановых с высокой вероятностью были искусными охотниками или воинами, чьё прозвище пережило века и стало фамилией.