Фамилия Мерканова образована по самой распространённой в русском языке модели: от мужской формы Мерканов с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность — буквально «сын Меркана» или «из семьи Меркановых». Основа здесь — некалендарное имя или прозвище Меркан. В русской ономастике такие имена часто возникали из тюркских языков, где «меркан» могло означать «ловкий», «проворный» либо восходить к этнониму (например, к названию одного из тюркских племён). В словаре тюркских заимствований встречается и вариант «мерген» — меткий стрелок, охотник; не исключено, что Меркан — это адаптированная на русской почве форма этого слова.

Поскольку фамилия оканчивается на -ов, а не на -ин или -ский, её носители — скорее всего, потомки крестьян или мещан, а не дворян. Фамилии на -ов в центральной России и Поволжье массово закреплялись за крепостными и государственными крестьянами в XVIII–XIX веках. Географически Меркановы чаще встречаются в республиках Поволжья (Татарстан, Башкирия) и в Оренбургской области — регионах, где веками соседствовали русские и тюркские народы. Это объясняет и тюркский корень, и русскую грамматическую форму.

Встречается и более редкая версия: происхождение от славянского глагола «меркать» (то есть мерцать, слабо светить). В этом случае прозвище Меркан могли дать человеку с неспокойным, «мерцающим» характером или с какой-то внешней особенностью — например, быстрому, неуловимому взгляду. Но эта версия менее убедительна: глагол «меркать» почти не оставил следов в русском именослове, а тюркская параллель выглядит естественнее.

Таким образом, фамилия Мерканова — типичный пример русской фамилии с нерусской основой, которая закрепилась в зоне активных этнических контактов. Её носительницей могла быть дочь или жена человека, которого в округе знали как Меркана — ловкого, меткого или выходца из определённого племени.