Фамилия Мерканина — женская форма от Мерканин, и её редкость сразу бросается в глаза. В русской ономастике это нечастая модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), но сама основа Меркан- неочевидна. Скорее всего, перед нами не исконно русское, а заимствованное или диалектное прозвище.

Наиболее вероятная версия — связь с тюркским или арабским именем Маркан (Меркан), которое восходит к слову «меркан» — «жемчуг» или «драгоценный камень». В татарской и башкирской среде такие имена бытовали, а суффикс -ин мог появиться при русификации: Меркан → Мерканин → Мерканина. Это объясняет и географию: фамилия встречается в Поволжье и на Урале, где исторически плотно пересекались русские и тюркские народы.

Вторая гипотеза — от прозвища Мерка, которое могло означать человека, связанного с меркой, измерением (ср. «мерка»). Но тогда логичнее было бы ожидать фамилию Меркин или Мерков, а не Мерканин. Поэтому версия с восточным корнем выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым данным, в России её носят не более нескольких десятков человек. Большая часть сосредоточена в Татарстане и соседних областях. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская, без характерных суффиксов -ский/-ской, и не купеческая.

В написании возможна путаница: иногда встречается вариант Марканина (с буквой «а» в корне), что ещё больше запутывает этимологию. Но если принять тюркскую основу, то Мерканина — это «дочь или жена Меркана», где Меркан — личное имя или прозвище, данное, возможно, за красоту или ценность (как драгоценный камень).