Фамилия Мерказина — редкий случай, когда за привычным русским окончанием -ин скрывается основа, скорее всего, не славянского происхождения. В отличие от подавляющего большинства фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ на -а/-я (Митя → Митин, коса → Косин), корень «мерказ» не имеет очевидных параллелей в русской лексике. Это сразу указывает на то, что фамилия, вероятнее всего, не исконно великорусская, а пришла из другого языка и была адаптирована русским суффиксом принадлежности.

Самая правдоподобная версия связывает Мерказину с тюркскими языками. В них широко распространена основа «мерказ» (варианты «меркез», «мерказ»), которая восходит к арабскому «марказ» — центр, средоточие, столица. В османском турецком и языках народов Кавказа это слово имело значение «центр», «главное место», а также могло использоваться как личное имя или прозвище для человека, который был в центре внимания, либо для выходца из центрального города или района. Таким образом, первый носитель фамилии Мерказин мог получить своё прозвище как «центральный», «главный» или «столичный».

Если отбросить тюркскую версию, остаётся лишь гадать. В русских говорах не зафиксировано слова «мерказ», а попытки связать его с «меркнуть» или «мерзкий» наталкиваются на фонетическое несоответствие: суффикс -аз- не характерен для таких основ. Поэтому версия о тюркском корне — основная и наиболее обоснованная.

География фамилии подтверждает эту гипотезу. Фамилия Мерказина встречается в Поволжье (особенно в Татарстане и Башкортостане) и на Северном Кавказе — регионах, где исторически сильны тюркские языки и культура. Женская форма Мерказина, как и положено, образована от мужской Мерказин, по той же модели, что и Смирнов — Смирнова.

Словообразовательная модель проста: тюркское прозвище Мерказ (или имя Мерказ) + русский патронимический суффикс -ин, означающий «сын Мерказа» или «принадлежащий Мерказу». Фамилия недвусмысленно говорит о том, что предок носителя был, скорее всего, человеком заметным, возможно, связанным с административным или торговым центром, либо просто получил имя, которое в его среде означало «главный».