Фамилия Мерклин — относительно редкая и звучит по-немецки. Это не случайно: её основа, скорее всего, связана с немецким словом Merkel или Merk, что значит «мелкий, маленький» или, в ином значении, «заметка, знак», от глагола merken — «замечать, примечать». Но ключ к пониманию — не столько корень, сколько суффикс. Форма на -ин в русском языке обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Мерклин, то есть сын или человек из семьи Меркла. Но в отличие от исконно русских фамилий вроде Иванов или Петров, здесь основа не славянская, а заимствованная.

Мерклин — типичный пример фамилии, которая возникла в среде российских немцев или обрусевших выходцев из немецких земель. В XVIII–XIX веках, когда в России появилось много немецких колонистов, их имена и прозвища адаптировались к русской грамматике. Немецкая фамилия Merkel (или её вариант Merk) при оформлении по-русски получила суффикс -ин, указывающий на родственную связь. Так Merkel превратился в Мерклина. Аналогичным образом образованы, например, фамилии Шмидтин, Миллеров, хотя вариант на -ин встречается реже, чем на -ов.

Географически фамилия Мерклин тяготеет к регионам бывших немецких колоний: Поволжье, юг Украины, Прибалтика, а также к крупным городам, куда немцы переселялись позже. Встречается она и в среде потомков немецких специалистов, приглашённых в Россию ещё при Петре I. Второй, менее вероятный, но возможный вариант происхождения — от прозвища Меркла, которое могло быть дано человеку маленького роста или скупому (от диалектного «мерклый» — мелкий, хилый). Однако это лишь гипотеза, не подкреплённая массовым бытованием фамилии в чисто русской среде.

Словообразовательная модель проста: основа Меркл + суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ме́рклин. В написании путаница редка, но иногда встречается вариант Меркелин, что ближе к исходной немецкой форме. В целом, носитель фамилии Мерклин почти наверняка имеет корни, уходящие в немецкую языковую и культурную среду, адаптированную русским языком два-три века назад.