Фамилия Мерко — редкий случай, когда географический ключ к происхождению важнее морфологического. Она почти наверняка украинская или белорусская, а не великорусская. В этом убеждает суффикс -ко, который в восточнославянских фамилиях четко маркирует юго-западные земли: Украину и юг Беларуси. В русских фамилиях этот суффикс встречается реже и обычно как заимствование.

Основа фамилии — «Мерк(а)». Это могло быть либо прозвище, либо производное от крестильного имени. Самое прямое объяснение лежит в глаголе «меркнуть»: прозвище Мерклый или Мерка давали человеку бледному, невзрачного вида, с тусклым взглядом. В диалектах слово «мерклый» означало «вялый», «хилый» — так могли назвать медлительного или болезненного человека.

Вторая версия — через личное имя. В православных святцах есть имя Мирон (греч. «миро» — благовонное масло). Его народные формы — Мерон, Мерка. Фамилия Мерко могла образоваться от уменьшительной формы Миронко: украинское произношение легко превратило «Миронко» в «Мерко». Поддерживает эту версию и то, что на Украине фамилия Мерко встречается в западных областях, где имя Мирон было особенно популярно.

Спорная, но возможная версия — польское или немецкое происхождение. В польском языке «merk» — это «марка», «знак» или «торговая марка». Фамилия могла возникнуть у ремесленника, ставившего клеймо на изделия. Или же это транслитерация немецкой фамилии Merck, которую в Российской империи нередко записывали как Мерко. Но в таком случае она осталась бы единичной, а не закрепилась в целых родах.

По суффиксу видно, что фамилия недворянская: -ко типичен для крестьянской и казачьей среды. Носители Мерко — это, скорее всего, потомки запорожских казаков или мещан из западных губерний. Фамилия не получила широкого распространения в России и до сих пор остается локальной, в основном на Волыни, Подолье и в Гродненской области Беларуси.