Фамилию Мерин обычно связывают с прозвищем от названия животного — мерина, то есть кастрированного жеребца. В крестьянском быту мерин — рабочая, спокойная лошадь, незаменимая в хозяйстве. Прозвище могли дать человеку по схожести с этим животным: спокойному, выносливому, покладистому, а иногда — с иронией, как намёк на медлительность или простоватость. В говорах «мерином» могли назвать и просто рослого, крупного мужчину.

Слово «мерин» — тюркского происхождения, из тюркского märin, пришедшего в русский язык через тюркские наречия кочевников. В древнерусских источниках слово фиксируется с XV века. Прозвище Мерин встречается в документах XVI–XVII веков: например, в писцовых книгах упоминаются крестьяне с таким именованием в новгородских и московских землях.

Модель образования фамилии — простейшая, без суффикса: от прозвища Мерин напрямую, по типу «чей?» — Мерин (ср. Сокол, Жук, Волк). Такую форму часто получали фамилии в среде крестьян и посадских людей, где прозвище закреплялось за родом без дополнительных суффиксов. Редкий суффиксальный вариант — Меринов — встречается реже и указывает на отчество, а не на прямое прозвище.

Географически фамилия Мерин рассредоточена, но заметна в центральных и северных регионах России — в бывших новгородских и вятских землях, а также на Урале. Встречается и у казаков, где прозвище могло закрепиться за человеком, имевшим дело с конями.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилия Мерин приводится в ряду «звериных» и «животных» прозвищ, перешедших в фамилии без изменений. Споров вокруг происхождения почти нет: основа ясна, хотя романтические версии иногда выводят её от немецкого Mähre (кобыла) или от финского meri (море) — обе гипотезы слабы, так как не объясняют ни реалий русского быта, ни исторического контекста.

Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, но попадаются люди известных профессий: например, художник-график Алексей Мерин или футболист Андрей Мерин. В целом фамилия остаётся редкой, но прозрачной по смыслу — она прямо указывает на прозвище, данное предку по характеру, внешности или роду занятий.