Фамилия Меркудинов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Меркудин. Согласно одной из версий, в основе фамилии Меркудинов лежит слово merhamet, котоое переводится на русский язык, как «сострадание, жалость». Возможно также, что фамилия восходит к merhem – «лекарство». Фамильный компонент «дин» переводится с арабского как «вера, религия».