Фамилия Меркудинова — женская форма фамилии Меркудинов. В центре внимания здесь не столько корень, сколько суффикс, который сразу выдает способ образования. Фамилия построена по патронимической модели: в основе лежит имя или прозвище Меркуда, к которому добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях присоединялся к основам на -а/-я, в отличие от -ов/-ев, которые крепились к основам на согласный или -о. Соответственно, Меркудинов — это «сын Меркуды», а Меркудинова — «дочь» или «жена» Меркудина.

Само имя Меркуда — это разговорная, народная форма канонического крестильного имени Меркурий. Имя Меркурий (от латинского Mercurius — имя древнеримского бога торговли) было в святцах, но в быту его часто переделывали: Меркул, Меркуша, Меркуда. Такая трансформация характерна для русской ономастики: сложные для произношения имена упрощались, обретая привычные для русского уха окончания. Таким образом, Меркуда — это не отдельное имя, а бытовой вариант, закрепившийся в качестве прозвища или неофициального имени.

Географически фамилия Меркудинов редкая. По данным переписей и архивов, она встречается в основном в центральной России и Поволжье, с некоторым скоплением в Нижегородской области. Это объясняется тем, что имя Меркурий было особенно почитаемо в старообрядческой среде, а Нижегородский край — один из центров старообрядчества. Впрочем, носителями могли быть и крестьяне, и мещане, и духовенство: имя не было строго сословным.

Интересно, что фамилия сохранила не только редкий корень, но и архаичную форму с ударением на последний слог в мужском варианте (Меркуди́нов), что тоже указывает на ее народное, не книжное происхождение. В отличие от фамилий вроде Меркурьев или Меркулов, образованных от более привычных форм имени, Меркудинов стоит особняком, сохраняя следы именно устной, диалектной традиции имянаречения.