Фамилия Меркутов восходит к личному имени Меркут, а то, в свою очередь, — к древнетюркскому слову mörküt, то есть «беркут». Хищная птица из семейства ястребиных настолько впечатляла кочевые народы, что имя в честь неё давали мальчикам, желая новорождённому силы, зоркости и удачливости. Считалось, что, называя ребёнка «беркутом», родители как бы вверяли его природе, просили её принять младенца за своего и наделить повадками этой гордой птицы.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель притяжательности: Меркутов буквально означает «сын Меркута», «ребёнок того, кого звали Меркут». Такая схема образования фамилий от нецерковных, дохристианских имён — одна из самых распространённых в русской ономастике, и Меркутов здесь стоит в одном ряду с фамилиями вроде Соколов или Орлов, только с более редкой, тюркской основой.

Интересно, что имя Меркут не стоит путать с христианским именем Меркурий: хотя звучание отдалённо схоже, происхождение у них разное. Меркурий пришёл на Русь вместе с православием и восходит к латинскому имени римского бога торговли, а Меркут — это чисто тюркское прозвище, связанное с миром степи и охоты. Поэтому фамилия Меркутов — это, скорее всего, след давних контактов славянского и тюркского населения, которые на протяжении веков жили бок о бок на южных рубежах русских земель.

Правда, есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых говорах Меркутом могли в шутку называть человека с пышной, косматой шевелюрой, сравнивая его с нахохлившейся птицей. Но эта гипотеза вторична: она не объясняет, почему имя возникло именно в таком виде, тогда как тюркское mörküt даёт точное и естественное объяснение. Так что основным значением фамилии остаётся «потомок Меркута», где Меркут — это человек, носивший гордое имя беркута.