Фамилия Меркутов, скорее всего, образована от имени Меркут. Оно берет начало от древнетюркского существительного mörküt со значением «беркут». Так называется хищная птица из семейства ястребиных. Давая младенцу имя со значением «беркут», родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Таким образом, потомок человека, которого звали Меркут, со временем получил фамилию Меркутов.