Фамилия Меркучев образована от имени Меркучий, которое в русской народной традиции стало обиходной формой канонического имени Меркурий. Имя Меркурий — латинского происхождения, в римской мифологии так звали бога торговли, покровителя путешественников и воров. В христианстве оно закрепилось благодаря нескольким святым, в том числе великомученику Меркурию Кесарийскому, почитавшемуся на Руси.

Суффикс -ев указывает на патронимический тип фамилии: Меркучев буквально значит «сын Меркучая». В бытовой речи имя Меркурий часто сокращали и переделывали на русский лад: появлялись формы Меркул, Меркуша, Меркуч, Меркучий. Последняя и легла в основу фамилии. Такая модель типична для северных и центральных губерний России, где уменьшительные имена с суффиксом -уч- (Ванюч, Петруч, Меркуч) встречались особенно часто.

Однокоренные фамилии — Меркулов, Меркушев, Меркушин, Меркурьев — различаются суффиксами, но восходят к тому же источнику. Меркучев стоит в этом ряду особняком: если Меркулов образовано напрямую от Меркул, а Меркушев — от Меркуша, то Меркучев — от более редкой формы Меркучий. Встречается она преимущественно в документах XVII–XVIII веков по Архангельской и Вологодской губерниям, что позволяет связать фамилию с Русским Севером.

Сословной привязки у фамилии нет: Меркучевыми могли быть и крестьяне, и посадские люди, и священники. Поскольку имя Меркурий давали при крещении, а не как прозвище, фамилия не несёт дополнительной характеристики человека — она чисто родовая, по отцу. Единственная особенность: в некоторых говорах окончание могли произносить как Меркучов, и в старых метрических книгах встречается двоякое написание, но в современной норме закрепился вариант через «е».