Фамилия Мерный чаще всего отталкивается от слова «мера», но не в отвлечённом смысле, а в самом конкретном, хозяйственном. Так на Руси называли ёмкость для измерения сыпучих тел и жидкостей, равную четверику, то есть примерно 26,24 литра. Человек, который с такой мерой работал, — мерщик, тот, кто отмерял зерно, муку, мёд или другие товары при купле-продаже. От него прозвище Мерный и перешло в фамилию.

Мерщик — фигура заметная на торгу и ярмарке. От его честности и точности зависел исход сделки, поэтому прозвище могло закрепиться и за самим торговцем, и за человеком на казённой или церковной службе, отвечавшем за правильность мер. Впрочем, не исключено, что Мерным называли и того, кто отличался особой размеренностью, неторопливостью в делах, — от глагола «мерить» в переносном значении «обдумывать, взвешивать». Такая версия менее очевидна, но тоже имеет право на существование.

Существует и другая гипотеза, но она заметно слабее. Согласно ей, Мерный — фонетический вариант фамилии Мирный. В основе лежит слово «мир», а Мирным называли человека спокойного, миролюбивого, либо того, кто разбирал споры и тяжбы. Однако для такого перехода нет убедительных оснований: замена «и» на «е» в корне не типична для русской ономастики, а прозвищная модель от «меры» объясняет фамилию проще и естественнее. Поэтому версия о мерщике остаётся основной.

Сам тип фамилии — притяжательное прилагательное с суффиксом -ый — указывает на древнюю, ещё допрозвищную форму. Такие фамилии без патронимического суффикса -ов или -ин встречаются реже и часто сохраняют прямую связь с прозвищем отца. В данном случае Мерный буквально означает «сын Мерного», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Однокоренные фамилии — Мерников, Мерщиков, Меркин — подтверждают, что основа была живой и распространённой. Но именно форма Мерный выделяется своей краткостью и архаичностью: она словно застыла в том виде, в каком прозвище звучало несколько столетий назад.