Фамилия Мерзакаев встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по частям и обратиться к языкам народов Кавказа, а не к славянской традиции.

Основа фамилии — «Мерзак». Это не русское слово и не каноническое мусульманское имя. Скорее всего, перед нами прозвище, образованное от тюркского или кавказского корня «мерз» (или «мерс»), который в ряде языков означает «храбрый», «мужественный» или «ловкий». В чеченском и ингушском языках есть слово «мерза» — «смелый», «отважный». Человек, получивший такое прозвище, видимо, выделялся бесстрашием или удалью. Суффикс «-ак» в тюркских и кавказских языках часто придаёт слову оттенок носителя качества: «мерзак» — буквально «тот, кто смел», «храбрец».

Русский суффикс «-аев» указывает на способ оформления фамилии по русскому образцу. Это типичная модель для фамилий, возникших в среде горских народов Северного Кавказа (чеченцев, ингушей, кумыков) после вхождения региона в состав Российской империи. Местные прозвища и имена русифицировали, добавляя окончание «-ов» или «-ев». Таким образом, Мерзакаев — это «сын Мерзака» или «потомок того, кого звали Мерзак».

Встречается и более прозаичная версия: основа могла произойти от тюркского слова «мерз» в значении «грязь» или «нечистота». В этом случае прозвище Мерзак давали неряшливому или неопрятному человеку. Однако, учитывая, что на Кавказе прозвища с положительной характеристикой давали чаще, чем уничижительные, версия со значением «храбрец» выглядит убедительнее. Фамилия Мерзакаев почти не встречается за пределами Северного Кавказа, что подтверждает её локальное происхождение.