Фамилия Мерзакаева — редкий случай, когда носительниц женского варианта фамилии заметно больше, чем мужского. Это объясняется не демографией, а происхождением: фамилия образована от женского имени или прозвища, что в русской ономастике встречается нечасто.

Основа фамилии — личное имя Мерзака, которое, скорее всего, восходит к тюркскому прозвищу. В тюркских языках «мерза» (или «мерзе») означает «грязный», «нечистый». Такое имя давали не в обиду — наоборот, по древним поверьям, «плохое» имя отгоняло злых духов и сглаз. Ребёнка нарекали Мерзакой, чтобы он рос здоровым и не привлекал внимания нечистой силы. Это типичная для многих культур охранительная практика.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мерзакаева — буквально «дочь (или жена) Мерзаки». Но в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые обычно образовывались от мужских имён, здесь исходное имя женского рода. Фамилия могла закрепиться за женщиной, которая была главой семьи, вдовой, или же за дочерью, если отчество стало фамилией.

Географически фамилия привязана к Северному Кавказу, особенно к Чечне и Ингушетии. В этих регионах фамилии на -ев и -аев широко распространены, и Мерзакаева — типичный пример вайнахской модели образования фамилий от личных имён. Встречается также вариант Мерзаков, но он гораздо реже и может быть результатом канцелярской ошибки при записи.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мерзаев, Мерзанов — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Мерзакаева стоит особняком: её «женский» суффикс -аев вместо обычного -ов указывает на то, что фамилия могла быть образована от женской формы имени, что делает её уникальной в ряду родственных фамилий.