Фамилия Мешковая — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение, но при ближайшем рассмотрении таят в себе несколько возможных путей. В отличие от распространённых «Мешковых», здесь мы видим другую модель образования — с суффиксом -ов-, но в женской форме прилагательного. Это не типичная «Мешкова», а именно «Мешковая», что указывает на старую, полную форму прилагательного, которая могла закрепиться за женщиной или, что вероятнее, за целым родом по прозвищу главы семьи.

Основа фамилии — слово «мешок». Прозвище Мешок в старину давали не только тому, кто шил или торговал мешками, но и человеку с определёнными чертами: неуклюжему, медлительному, либо, напротив, запасливому и скупому. В словаре В. Даля «мешком» называли также неповоротливого, вялого человека. Второй вариант — прозвище могло относиться к ремесленнику, изготавливавшему мешки, или к торговцу, который разносил товар в мешке. В ономастике известны фамилии Мешков, Мешочников, и Мешковая стоит в том же ряду, но с более архаичным окончанием, что может говорить о её происхождении из северных или центральных регионов России, где полные прилагательные в фамилиях встречались чаще.

Стоит различать Мешковую и Мешкову. Если фамилия пишется через «ая», это не просто женская форма от мужской фамилии Мешков, а самостоятельное родовое имя, которое могло закрепиться за женщиной-вдовой или за целой семьёй в документах XIX века. В переписных книгах встречаются записи вида «вдова Мешковая», где окончание указывало на принадлежность к двору или хозяйству. Таким образом, носительница фамилии Мешковая могла быть прямой наследницей того самого Мешка — прозвищного человека, чьё имя дало начало целому роду.