Фамилия Межуев — это классический пример русской «прозвищной» фамилии, то есть образованной не от имени, а от личного прозвища. В её основе лежит слово «межа» — граница земельных наделов, полоса необработанной земли между полями. Поэтому первая и самая правдоподобная версия связывает прозвище Межуй с глаголом «межевать», то есть делить землю, устанавливать границы владений. Межуем могли называть крестьянина-земледельца, который хорошо разбирался в наделах, или того, чей участок находился на краю, у самой межи.

Суффикс «-уй» в прозвище придаёт ему простонародный, разговорный оттенок, характерный для старых русских имён и прозвищ (сравните с именами типа Петруй или прозвищами вроде Хватай). Позже, по обычной модели, к основе добавили патронимический суффикс «-ев», и потомок человека по прозвищу Межуй стал писаться как Межуев. Такая модель образования типична для большинства русских фамилий, закрепившихся в XV–XVII веках.

Существует и альтернативная, но менее убедительная версия. Она возводит основу фамилии к названию северной реки Мезень, впадающей в Белое море. Согласно этой гипотезе, предок Межуевых жил на берегах Мезени, а прозвище Межуй возникло как указание на место жительства. Однако здесь есть фонетическое препятствие: в названии реки звучит «е» после мягкого «з» (Мезень), а в основе фамилии — твёрдое «ж» (Межуй). Переход «з» в «ж» в этом случае не имеет под собой чёткого лингвистического основания, поэтому версия о земледельце-межевальщике выглядит гораздо естественнее.

Точное время и место возникновения фамилии сейчас установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на столетия, и разные ветви рода могли появиться независимо друг от друга в разных регионах. Ясно одно: фамилия Межуев относится к числу тех, что отражают повседневную жизнь и хозяйственный уклад русской деревни, и в этом её ценность как памятника языка и культуры.