Фамилия Мигодин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. В ней нет прямого указания на профессию, внешность или место жительства, что заставляет копать глубже, в область старых русских прозвищ и диалектов. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мигодин — потомок человека по прозвищу или имени Мигода.

Самая вероятная версия связывает основу с глаголом «мигать». В русских говорах «мигода» или «мигун» — это прозвище человека, который часто моргает, щурится или имеет привычку быстро, беспокойно двигать глазами. Прозвища по физиологическим особенностям давали на Руси часто и охотно — они были цепкими и запоминающимися. Человек Мигода мог быть близоруким, подслеповатым или просто обладать нервной мимикой, за что и получил своё уличное имя.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с диалектным словом «мигода» в значении «миг», «мгновение». Тогда прозвище могли дать человеку торопливому, быстрому или, наоборот, тому, кто всё делал с большими паузами, «через миг». Однако эта версия слабее, так как в русской антропонимии прозвища от временных понятий встречаются реже, чем от видимых черт.

С географической точки зрения фамилия Мигодин — северорусская или среднерусская. Суффикс -ин характерен для территорий бывших Новгородских и Вятских земель, а также для Поволжья. Встречается она точечно, без крупных гнёзд, что говорит о позднем закреплении фамилии и, возможно, о происхождении от одного конкретного рода.

Сословно Мигодины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин в этой среде образовывались от уличных прозвищ отца, а не от канонических имён. Аристократических родов с такой фамилией нет ни в «Бархатной книге», ни в родословных росписях.

Правописание фамилии устойчивое: через «о» во втором слоге. Вариант Мигадин (с буквой «а») — ошибка или следствие акающего произношения в южных говорах, но для Мигодина исходная форма — именно с «о», что подтверждается ударением на последний слог (Мигоди́н).