Фамилия Миготин образована от прозвища Мигота. В русских говорах слово «мигота» означало мерцание, мигание, неверный свет, а также суетливого, непоседливого человека, который «мигает», то есть постоянно двигается, не стоит на месте. Прозвище могли дать живому, подвижному ребёнку или взрослому с беспокойным характером. В некоторых диалектах «миготой» называли и короткую вспышку, мгновение — возможно, прозвище закрепилось за человеком, который всё делал быстро, наскоком.

Словообразовательная модель типична для русского Севера и Поволжья. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Миготин — «сын Миготы» или «человек из семьи Миготы». Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, где прозвища были основным способом различать односельчан. В документах XVI–XVII веков есть упоминания крестьян с корнем «Миг-» в новгородских и вятских землях, что подтверждает северное происхождение фамилии.

Редкая особенность Миготина — возможная связь с глаголом «мигать» не в прямом, а в переносном значении. В архангельских говорах «миготать» значило «обманывать, хитрить». Если прозвище пошло оттуда, фамилия могла закрепиться за человеком увёртливым или не слишком честным. Однако основная версия — всё же характеристика внешней подвижности, а не нрава.

Фамилия Миготин нечастая, но не исчезнувшая. Встречается в основном в Кировской, Вологодской и Архангельской областях — то есть на территории бывших новгородских владений. В других регионах России Миготины единичны.