Фамилия Мигодюк — яркий пример украинской модели образования фамилий, и её происхождение стоит искать не в каком-то сложном ремесле, а в личном имени или прозвище. Основа здесь — «Мигод», что является народной формой церковного имени Никодим. В украинском языке это имя часто усекали и адаптировали: Никодим — Микодим — Мигод. Суффикс «-юк» — типичный для западных и центральных регионов Украины патронимический показатель. Он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын» или «потомок». Стало быть, Мигодюк — это буквально «сын Мигода», то есть потомок человека, которого в быту звали Мигодом (Никодимом).

Интересно, что само имя Никодим греческого происхождения («никэ» — победа и «дэмос» — народ) и означает «победитель народа». Но в фамилии эта торжественная семантика стёрлась — на первый план вышла бытовая, прозвищная природа. В украинской ономастике, как отмечал Б. Унбегаун, фамилии на «-юк» особенно характерны для Волыни, Подолья и Галичины, поэтому можно предположить, что корни рода Мигодюков — именно оттуда.

Встречается и более прозаическая версия: «Мигод» могло быть не от имени, а от глагола «мигати» (моргать, подавать знак). В таком случае прозвище Мигод мог получить человек с быстрым, бегающим взглядом или тот, кто часто моргал. Однако эта версия менее убедительна, так как связь с именем Никодим прослеживается чётче через цепочку народных вариантов (Микита — Мига, Микола — Мигаль, Никодим — Мигод).

Фамилия редкая, в современной России почти не встречается за пределами украинской диаспоры. Её носители — это, скорее всего, потомки крестьян или казаков из западных областей Украины, где фамилии на «-юк» были массовыми. Социального элитарного оттенка у неё нет: она из тех, что фиксировали принадлежность к роду, а не к сословию.