Фамилия Мяготин звучит на слух почти ласково, с той самой «мягкостью», которая, вероятно, и легла в её основу. Впрочем, как это часто бывает с прозвищами, однозначного ответа здесь нет, и история фамилии ветвится как минимум на три версии.

Самая распространённая гипотеза выводит прозвище Мягота от прилагательного «мягкий» в его переносном значении — «кроткий, уступчивый, душевный». Так на Руси могли прозвать человека покладистого нрава, лишённого резкости и грубости, отзывчивого к чужой беде. В этом случае фамилия напрямую отражает особенности характера основателя рода. Реже тем же словом, но уже с иронией, могли наградить человека полного, тучного, как бы «мягкого» телом.

Вторая линия толкования уводит нас в диалектную лексику. В пермских говорах «мякотью» называли мелкие отруби, в тульских — связку льна, а в ярославских — паханую землю, поле, с которого уже снят один хлеб. Если прозвище Мягота возникло от этих значений, перед нами типичное «профессиональное» именование. Предок мог быть мельником, работавшим с отрубями, льноводом или земледельцем, обрабатывавшим поле. Такая версия выглядит не менее логичной, чем первая, и указывает на род занятий, а не на характер.

Суффикс -ин в фамилии Мяготин указывает на притяжательную модель образования: он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Мяготы». Это одна из древнейших и самых распространённых моделей русских фамилий, но в сочетании с необычной основой она даёт редкое и запоминающееся имя.

Исторические документы подтверждают, что подобные именования бытовали на Руси давно. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает родственные формы: Мякота Иван Прасолов (1500 год, Новгород) и Григорий Мякотин, посадский человек (1625 год, Зарайск). Эти записи показывают, что и прозвище, и фамилия были известны в разных регионах — от новгородских земель до южных городов, и принадлежали людям разного социального положения: от торговца скотом (прасола) до посадского жителя. Так что носитель фамилии Мяготин может с равной вероятностью вести родословную от мягкосердечного крестьянина, мельника или зажиточного горожанина.