Фамилия Мяготин образована от прозвища Мягота. По одной из версий, оно ведет свое начало от прилагательного «мягкий» со значением «кроткий, уступчивый», «душевный, отзывчивый», «лишенный резкости, грубости». Очевидно, прозвище Мягота отражало особенности характера и поведения основателя фамилии. Кроме того, иногда Мяготой именовали полного, тучного человека. Согласно еще одной гипотезе, данное прозвище имеет схожую этимологию со словом «мякоть». В пермских говорах мякотью называли «мелкие отруби», в тульских – «связку льна», а в ярославских – «паханую землю, поле, с которого снят один хлеб». В таком случае прозвище Мягота, скорее всего, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности предка: он мог быть мельником или земледельцем. Веселовского упоминаются родственные именования: Мякота Иван Прасолов (1500 г., Новгород), а также Григорий Мякотин, посадский человек (1625 г., Зарайск). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мягота, со временем получил фамилию Мяготин.