Фамилия Мигонькин — один из тех случаев, когда на слух всё кажется простым и прозрачным, а при ближайшем рассмотрении начинаются споры. Первое, что бросается в глаза — суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Но вот с самой основой «Мигоньк-» не всё однозначно.

Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища или имени Мигонька. Это уменьшительно-ласкательная форма от Мигун или Мига. В русских говорах «мигать» значило не только моргать, но и «делать что-то быстро, урывками», а «мигун» — человек, который часто моргает, или, в переносном смысле, хитрый, увёртливый. Мигонька — тот же Мигун, но с ласковым оттенком, как «сынок» или «браток». Фамилии на -ин в таком случае означали принадлежность: сын Мигоньки, то есть Мигонькин.

Есть и более редкая, но не менее интересная версия, связанная с географией. В псковских и новгородских говорах «мигонь» могло означать «мельком, быстро». Прозвище Мигонька могли дать человеку быстрому, подвижному или, наоборот, тому, кто постоянно суетится. В этом случае фамилия — чисто прозвищная, без связи с крестильным именем.

Третья версия, которую часто тиражируют в интернете, но которая выглядит натянутой, — происхождение от имени Дмитрий через форму Митя → Мигоня. Лингвистически переход «т» в «г» в русском языке нехарактерен, а формы вроде Мигоня для Дмитрия не зафиксированы ни в одном серьёзном ономастическом источнике. Эту гипотезу стоит отбросить.

По сословному составу Мигонькины, скорее всего, крестьяне или посадские люди центральных и северо-западных губерний. Фамилия недворянская, с простым бытовым корнем, без книжных или церковных элементов. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании — возможно, в одном-двух уездах. Точных данных о первых носителях нет, но по модели образования фамилия могла сложиться не позднее XVII века, когда активно формировались фамилии на -ин от прозвищ.