Фамилия Мигункин — один из тех случаев, когда прозвище предка скрывается за непривычным для современного уха звучанием. Основа здесь — Мигун(я). В русских говорах «мигуном» называли человека, который часто и быстро моргает, щурится или подмигивает. Прозвище давали либо тому, у кого был такой нервный тик или особенность зрения, либо, напротив, хитровану и насмешнику, любившему «стрелять глазами» и подавать знаки. В некоторых диалектах «мигуном» могли назвать и проворного, увертливого человека — того, кто «мигом» всё делает.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Мигункин буквально означает «сын Мигуни» или «человек из рода Мигуни». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что параллельно существует фамилия Мигунов — от той же основы, но с другим патронимическим суффиксом (-ов). Разница в том, что Мигунов закрепился в южных и центральных регионах, где была распространена модель на -ов, а Мигункин — в северных и северо-восточных землях, где чаще использовали -ин/-кин. Встречаются и однокоренные Мигалкин, Мигачёв, Мигулёв — все они восходят к одному смысловому гнезду, связанному с быстрым движением глаз.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Мигуня было не слишком распространено: оно не попало в святцы, не было крестильным именем, а осталось в узком кругу бытовой речи. В документах XVII–XVIII веков Мигункины встречаются в основном среди крестьян и посадских людей Вологодской, Архангельской и Вятской губерний. Там же, в северных говорах, слово «мигать» имело ещё одно значение — «мерцать, тускло светить», что могло дать прозвище человеку с неяркой, но заметной внешностью или с медлительной походкой.

Таким образом, Мигункин — не дворянская и не искусственная фамилия, а живое прозвище, закрепившееся за родом. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был обычным крестьянином или ремесленником, которого окружающие запомнили по характерной черте — быстрому, живому взгляду или привычке щуриться.