Фамилия Мигунков образована по прозрачной словообразовательной модели, но с интересной диалектной особенностью. Основа — прозвище Мигун, которое в русских говорах давали человеку, часто и быстро моргающему. Но у этого корня есть и второе, менее очевидное значение: в некоторых областях «мигуном» называли того, кто подаёт тайные знаки, подмигивает, то есть хитрого или сговорчивого человека. Суффикс -ов- в фамилии Мигунков указывает на принадлежность: «сын Мигуна» или «из рода Мигуновых». Однако здесь любопытна форма на -ков: она говорит о том, что в основе лежало не имя Мигун, а его вариант Мигунко — типично южнорусское или украинское образование с уменьшительно-ласкательным суффиксом -к-. То есть Мигунков — это «сын Мигунка», что сужает ареал фамилии: такие формы чаще встречались на территории бывшего Черниговского, Курского или Воронежского наместничеств, где фамилии на -ков и -ченко соседствовали.

Если сравнивать Мигункова с однокоренными фамилиями, то Мигунов — более распространённый и нейтральный вариант, а Мигунков — локальный, с характерным для малороссийских земель суффиксом, который затем обрусел. В дореволюционных переписях эта фамилия фиксировалась преимущественно среди крестьян и однодворцев южных губерний. Прозвище Мигун могло также относиться к человеку с быстрой, подвижной мимикой, но в контексте крестьянского быта XVIII века чаще подразумевало лукавство или сноровку в делах. Фамилия недворянская, без сложной этимологии, но её суффикс — редкий маркер миграции населения: носители Мигунковых, скорее всего, потомки тех, кто пришёл с юга в центральные области России в ходе заселения «дикого поля».