Фамилия Мигуньков — хороший пример того, как по суффиксу можно восстановить историю слова. Она образована по модели, типичной для русского Севера и Поморья: основа плюс суффикс -ков. Это не самый распространённый вариант, потому что чаще мы встречаем фамилии на -ов или -ин, но именно суффикс -ков указывает на притяжательное значение от прозвища или имени на -ко: Мигунько → Мигуньков, то есть «сын Мигуньки» или «человек из семьи Мигунько».

Основа «Мигун» — это некалендарное личное имя или прозвище. В русских говорах «мигун» означало человека, который часто моргает, щурится или подмигивает. В словаре Владимира Даля «мигун» — это «мигач, кто часто мигает, щурит глаза». Прозвище могли дать человеку с такой привычкой, а от него уже пошла фамилия. Вторая версия, менее вероятная, — связь с глаголом «мигать» в переносном смысле: так могли назвать хитрого, увёртливого человека, который «мигает» в разговоре, подаёт знаки.

Интересная деталь: фамилия Мигуньков почти не встречается в центральных и южных областях России. Её ареал — преимущественно Архангельская область, а также соседние районы Вологодчины и Коми. Это северная фамилия, и её носители в прошлом были, скорее всего, государственными крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами. В списках поморских родов XVII–XVIII веков можно найти варианты Мигунков и Мигунов, но форма с мягким знаком и суффиксом -ков — более редкая и локальная.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Мигуньков стоит в одном ряду с Мигуновым, Мигачёвым, Мигалкиным. Но если Мигунов — это «сын Мигуна» (прямая основа без уменьшительного суффикса), то Мигуньков — «сын Мигуньки», то есть с уменьшительно-ласкательным оттенком. Такая форма часто возникала в среде, где было принято называть человека по отчеству в уменьшительной форме: не Иван Мигунов, а Ивашка Мигуньков. Со временем это закрепилось как фамилия.