Фамилия Мигонько звучит по-украински и, скорее всего, образована от прозвища Мигонь. В её основе лежит украинский глагол «миготити» — «хлопать веками, моргать», а также «прозевать», «проморгать». От этого же корня в украинском языке есть и слово «миг», то есть мгновение.

Прозвище Мигонь, от которого пошла фамилия, отражало особенности характера. Так могли назвать рассеянного, невнимательного человека, который постоянно что-то упускает из виду, словно моргает и пропускает важное мимо глаз. Впрочем, не стоит исключать и другой оттенок: «мигонь» могло закрепиться за человеком с живым, подвижным взглядом, который часто моргает.

Суффикс -ко в фамилии Мигонько — типичный для украинских фамилий. Он указывает на родственную связь: буквально это «сын Мигоня» или «потомок Мигоня». Так прозвище, данное одному человеку, закрепилось за его детьми и внуками, а затем превратилось в постоянную фамилию рода.

Интересно, что подобные фамилии чаще встречаются на западе Украины, где суффикс -ко особенно распространён. В России фамилия Мигонько встречается реже, но её носители, как правило, имеют украинские корни. Стоит добавить, что в основе могло лежать и диалектное слово, близкое по звучанию, но точное значение сегодня восстановить трудно.