Фамилия Мигонько, скорее всего, образована от прозвища Мигонь. Оно, предположительно, берет начало от украинского глагола «миготити» со значением «хлопать веками, моргать», «прозевать». Вероятно, именование Мигонь отражает особенности характера его обладателя. Так могли назвать рассеянного или невнимательного человека. Так и прозвище Мигонь закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Мигонько. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мигонь, со временем получил фамилию Мигонько.