Фамилию Миганько стоит разбирать с суффикса -ко, который в украинской ономастике — один из самых распространённых формантов. Он превращал прозвище или имя в фамилию, придавая ей оттенок «чей-то сын» или «человек, связанный с чем-то». Уменьшительный оттенок в таких фамилиях со временем стёрся, осталось только указание на родство. Миганько — типичный пример восточноукраинской или южнорусской модели, где -ко присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный.

Основа фамилии — Мигань. Это прозвище, скорее всего, связанное с глаголом «мигать» или «мигнуть». В диалектах «мига» или «миган» могло означать человека, который часто моргает, щурится от яркого света или, в переносном смысле, суетливого, непостоянного. Встречается и другая версия: прозвище могли дать тому, кто подавал знаки, «мигал» кому-то в толпе или на сходке. В любом случае, прозвище описывало внешнюю или поведенческую особенность.

Менее вероятна, но возможна связь с нецерковным именем Миган. В дохристианской традиции имена от глаголов (Ждан, Неждан, Миган) давали по обстоятельствам рождения или по первым впечатлениям от младенца. Если ребёнок родился с бегающим взглядом или часто приоткрывал глаза, его могли назвать Миганом.

Географически фамилия Миганько тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкасщине. В России она встречается реже, в основном в регионах, граничащих с Украиной, или в среде переселенцев. Суффикс -ко в этих краях был настолько продуктивен, что породил тысячи фамилий, и Миганько — одна из многих, но с редкой глагольной основой, которая сразу выдаёт прозвищное происхождение.

В документах XVIII–XIX веков носителей такой фамилии можно было бы найти среди казацкой старшины или крестьян, но точных данных о сословной принадлежности нет. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из народной среды, где прозвища цеплялись крепко и передавались по наследству без изменений.