Фамилия Миханько образована от имени Михаил, причем не напрямую, а через его уменьшительную форму. В белорусской и украинской традиции имя Михаил в быту часто сокращалось до Михань. Суффикс -ко в этих языках — один из самых распространенных патронимических показателей: он указывал на сына или потомка человека по имени Михань. То есть Миханько — это буквально «маленький Михань» или «сын Михана». Такая модель типична для восточнославянских фамилий, особенно много их на территории современной Беларуси и западной Украины.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые чаще всего фиксировали принадлежность к отцу («чей сын?»), украинско-белорусские фамилии на -ко могли быть как прозвищными, так и патронимическими без притяжательного оттенка. Миханько — яркий пример именно патронимической фамилии: она закрепилась за потомками человека, которого в окружении звали просто Михань. Интересно, что в польском языке аналогичная форма звучала бы как Michanko, и фамилия могла возникнуть и в зоне польско-белорусского пограничья.

Географически фамилия Миханько чаще всего встречается в Гродненской и Брестской областях Беларуси, а также в западных областях Украины — Волынской, Ровенской, Львовской. В России она редка и обычно указывает на миграцию с запада в XIX–XX веках. Встречается вариант написания с одной «н» — Миханко, но он менее распространен. В документах XIX века фамилию могли записать и как Миханьков, русифицировав окончание.

Одно из немногих достоверных упоминаний — запись в метрических книгах Витебской губернии середины XIX века, где фигурирует крестьянин Миханько. Это подтверждает, что носители фамилии относились к крестьянскому сословию, и фамилия не была дворянской или шляхетской. Версия о происхождении от тюркского «михан» (гость) или от глагола «михать» не имеет серьезной лингвистической поддержки и противоречит словообразовательной модели: суффикс -ань-/-ень- в славянских именах работает иначе.