Фамилия Миханюк образована от имени Миханя — уменьшительной формы крестильного имени Михаил. В белорусской и украинской традиции суффикс -юк указывает на принадлежность: Миханюк буквально означает «сын Михана» или «потомок Михана». Такая модель типична для западных и южных регионов Восточной Европы, где фамилии на -юк, -ук, -чук особенно распространены в Полесье, на Волыни, в Галиции и на юго-западе Беларуси.

Имя Михаил в переводе с древнееврейского значит «кто как Бог». В народе оно давало множество производных форм: Миханя, Михей, Миша, Мишук. Фамилия Миханюк сохранила именно ту ветвь, где основой стала форма с суффиксом -аня — ласковое, домашнее прозвище, которое в быту легко закреплялось за человеком и затем переходило к его детям.

Географически фамилия Миханюк чаще всего встречается в Брестской и Гродненской областях Беларуси, а также в соседних регионах Украины — на Ровенщине и Волыни. В России она редка и обычно указывает на корни переселенцев из западных губерний. Такое распределение подтверждает, что фамилия сложилась в зоне активного взаимодействия белорусского и украинского языков, где суффикс -юк был продуктивным и естественным способом обозначить родство.

С точки зрения словообразования Миханюк отличается от более частотной фамилии Миханько (с суффиксом -ько) или Миханенко (с -енко). Разные суффиксы — один и тот же корень, но разная региональная огласовка: -юк — преимущественно северо-западная украинская и юго-западная белорусская черта. Если встретите Миханюка, можно с высокой вероятностью предположить, что его предки жили на стыке этих двух культур.

Исторических записей о фамилии мало: она не относится к древним аристократическим родам, а бытовала в среде крестьян и мещан. В ревизских сказках XIX века Миханюки фигурируют как жители местечек и сёл Волынской и Гродненской губерний. Фамилия не меняла формы при переходе в русскую паспортную систему — её не русифицировали в Михайлова или Миханова, что говорит о поздней фиксации и устойчивости местной традиции.