Фамилия Михайлушкина образована от мужского имени Михайлушка — уменьшительно-ласкательной формы канонического имени Михаил. В русской ономастике это типичный пример «полуотчества»: фамилия на -ин указывает на принадлежность человеку, названному по имени. Если Михайлушка — глава семьи, то его дети и жена получали прозвание «Михайлушкины», то есть «те, кто из дома Михайлушки». Со временем это прозвище закрепилось как наследственная фамилия.

Особенность фамилии — в суффиксе -ушк-, который в русских именах несёт оттенок ласки или уменьшительности. Михайлушка — не полное имя, а домашнее, бытовое обращение. В крестьянской среде такие формы (Иванушка, Петрушка, Михайлушка) были распространены повсеместно, но в фамилиях они встречаются реже, чем стандартные отчества на -ов/-ев. Поэтому Михайлушкина — нечастая фамилия, указывающая на то, что предок был зван не по официальному имени, а по обиходному, уличному прозвищу.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В переписных книгах XVII–XVIII веков формы на -ушка чаще фиксировались в Поморье, Вологодчине и на Урале, где сохранялись архаичные модели словообразования. В XIX веке Михайлушкины встречались в Тверской, Ярославской и Вятской губерниях — это подтверждается данными ревизских сказок.

С точки зрения социального контекста, фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская. Дворянские роды обычно образовывали фамилии от полных форм имени (Михайлов, Михайловичев), а уменьшительные варианты оставались в простонародье. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Михайлов, Михайлушкин, Мишулин — показывает, что Михайлушкина стоит в ряду редких вариантов. Если Михайлов встречается повсеместно и часто, то Михайлушкин — более локальное и личное образование, которое могло возникнуть в отдельной деревне или семье. Это делает фамилию ценной для генеалогического поиска: она сужает круг возможных предков до конкретной местности.